โรงงานต้นแบบสารสกัดและผลิตภัณฑ์สมุนไพร อยู่ภายใต้สถานวิจัยเครื่องสำอางและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นหน่วยงานที่มีภารกิจในการให้บริการวิชาการและประสานความร่วมมือกับภาคอุตสาหกรรมทั้งในประเทศและต่างประเทศ มุ่งพัฒนาอุตสาหกรรมผลิตสารสกัดสมุนไพรให้แก่หน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชน เพื่อนำไปสู่การผลิตส่วนประกอบฟังก์ชันและสารสกัดจากธรรมชาติที่มีมูลค่าสูงในระดับอุตสาหกรรม เพื่อสนับสนุนอุตสาหกรรมอาหาร ผลิตภัณฑ์สมุนไพร และเครื่องสำอาง ให้ผู้ประกอบการได้สารสกัดสมุนไพรที่มีคุณภาพ และขึ้นทะเบียนผลิตภัณฑ์กับสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาได้ นอกจากนี้ โรงงานต้นแบบดังกล่าว ยังเป็นสถานที่รองรับการศึกษาและพัฒนาเทคโนโลยีการขยายระดับการผลิตสารสกัดจากธรรมชาติจากห้องปฏิบัติการสู่ระดับอุตสาหกรรมและการสนับสนุนการถ่ายทอดเทคโนโลยีการผลิตและการควบคุมคุณภาพส่วนประกอบฟังก์ชันและสารสกัดจากธรรมชาติให้แก่ภาครัฐและเอกชน